2006年，为配合NDS版（钻石、珍珠版）的上市，TV动画同步推出全新系列《神奇宝贝钻石&珍珠》（Pokémon Diamond & Pearl，简称DP）。对战开拓区篇结束后，小遥为了独自挑战城都地区的华丽大赛和小智告别，小胜回到了橙华道馆，小刚也回家去了。小智则受到了小茂的激励，独自带着皮卡丘和偷渡的长尾怪手前往神奥地区挑战联盟。 　　新登场的女主角小光，其蓝本取自电玩NDS版...

小遥（绫濑遥 配音）是一名平凡的十六岁高中女生，母亲（户田菜穗 配音）早早的就离开了她，如今，小遥和父亲（大森南朋 配音）一起过着相依为命的生活。某日，小遥独自一人来到了位于武藏野的一间神社内，这里留有她童年时代的美好记忆。然而，令小遥没有想到的是，她竟然发现了一只正在搬运东西的狐狸（泽城美雪 配音）。 　　追随着狐狸的脚步，小遥被传送到了异世界“弃宝之岛”上，这里充斥着被人类丢弃的垃圾和废物。在...

某日，小新（矢岛晶子 配音）、小葵和美伢（楢桥美纪 配音）被一群神秘人物绑架，醒来之后发现身处一间神秘的基地之内，原来，这里是名为“温泉G组”的秘密组织，意在保护对于日本来说十分珍贵的温泉。然而，横空出世的污垢达人博士（家弓家正 配音）企图利用“地球温泉计划”将温泉G组彻底击垮。 　　唯一能够阻止污垢达人博士的阴谋的，就只有仅存在于传说之中的“黄金之魂温泉”，而组员们经过调查，发现该温泉正好处于小...